王莽篡汉，建立新朝时，曾有术士造作“刘氏复兴，李氏为辅”的谶言，作为刘秀光复汉室的符命。西晋末年以来的民间道教组织，将这一谶言加以改造，使之与老子历代降世为帝王之师、救国救民的神话相联系，以反对道教向统治阶级上层的靠拢，东晋初年，道士李脱及其弟子李弘即以此谶言散布民间，并通过符水禁咒为人治病而吸引了一大批信徒，建立起道团组织。李脱及李弘的这种做法显然与当初张角组织太平道的做法如出一辙。因此，也就必然要遭到统治阶级的镇压。但在东晋时期，以李脱、李弘之名而在民间活动的事例仍不断发生，甚至发动起义。而东晋隆安年间爆发的孙恩卢循起义，则更是反映了道教内部改革与反改革斗争之激烈。
孙恩，字灵秀，琅邪（今山东临沂）人。孙恩家族世代信奉五斗米道，其叔父曾师事钱塘杜子恭。杜子恭曾假托张鲁授命而建立道团，以符水治病济世的方术招揽信徒。在杜子恭道团中，设有祭酒统民制度、道民交纳五斗米的义务等。也就是说，较多地保留了早期五斗米道的特点。杜子恭死后，孙泰继任为掌教者，他一面在下层民众中布道，继续扩大队伍；一面也向上层社会发展势力，鄱阳太守桓放之、骠骑将军周勰等相继成为其信徒，晋安帝隆安二年（398年），王恭、桓玄等发动叛乱，进攻宗室会稽王世子司马元显。孙泰因与元显交密，也卷入了这场东晋统治集团的内讧，结果被杀。孙恩遂利用道教起兵为其叔父复仇，爆发一场历时13年的大规模起义。