卫所，根据汇报对象的差异，又分成了“京卫”和“外卫”。
京卫就是京畿附近的卫所，这些卫所向中央“五军都督府”（帝国最高军事管理机构，分为中军都督府、左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府）直接汇报；而“外卫”则直接向地方上的都司领导，也就是都指挥使汇报。然后，都司再向五军都督府汇报。这样的话，不管京卫还是外卫，直接或者间接地都归了“五军都督府”节制，看起来这个部门权力极大。但是不用担心，因为你所担心的问题，朱元璋早就解决了。五军都督府只负责兵籍和军政，而所有卫所的调兵权，则归兵部。
卫所实际上相当于军事屯田性质的“军屯”，也就是我们提到的北魏时期府兵制的一个变种。明代的府兵制，利用明初战争中的老兵，对前朝元军的招降纳叛，以及后来的地方羁縻、充军发配等，完全取代了宋代战斗力较弱的“募兵制”的禁军。在府兵制的基础上，朱元璋又吸收了两汉屯田戍边中的一些好的经验，形成了有明代特色的军屯制度。军屯中的军人们世代从军，长期备战，父死子继。所以，两汉屯田戍边的经验，被复制到了全国包括内地省份在内的各个省，而不仅仅是当年戍边的功能。而北魏府兵制中比较常见的“东市买骏马，西市买鞍鞯，南市买辔头，北市买长鞭”，这种府兵制中常见战争组织中的临时性和仓促性也不存在了。代之以成建制的卫所预备役士兵，随时准备出击。