然而，清朝末年的驻藏大臣联豫，所带军队，颇无纪律，把枪弹都卖给藏番。于是藏番军械，颇为充足。革命的消息传到拉萨，驻藏清军以为从此没有法律了，就随意剽掠。藏族人大怒，群起反抗。其结果，清朝军队都被逐。达赖乘机回拉萨，宣布独立，并嗾使藏番内犯。巴塘、里塘，先后失陷，并进攻打箭炉。四川都督尹昌衡（政府旋以为征藏军总司令），出兵征讨；云南都督蔡锷，也发兵会攻。7月，在里塘、巴塘中间，把藏番打败，藏番退回。而川滇兵亦因粮械两乏，不能进取。8月17日，英使朱尔典，向外部提出抗议，要求中国对西藏：不干涉内政，不改省，不驻扎多兵，而且说英国还没有承认中华民国，倘使中国不容纳英国的意见，英国唯有和西藏直接交涉。政府怕事实上生出困难，只得改为安抚（征藏军总司令，改为川边镇抚使），而且恢复达赖的封号，又承认英国的要求，派陈贻范和英藏两方的代表，共同会议，以解决对藏问题——此项会议，以1913年11月13日，开始于大吉岭。后来又移于印度的西摩拉。